在杨乃武与小白菜的冤屈终于得以昭雪之后，杨乃武依然被判了杖刑一百，原因是他与小白菜共进过餐，并未避嫌，触犯了士林的规矩。这一处罚显然带着深刻的社会偏见和权力的不公，而小白菜也同样遭到了杖刑八十，罪名则除了承认与杨乃武同桌吃饭外，还因为不应学习写字，破坏了女性应有的行为规范。尽管罪名荒谬，负责执行刑罚的狱卒们倒是表现得极为宽厚，他们将每一杖的处罚算作十杖，而且打得相当轻，甚至可以说，带着一种人道主义的同情。 杨乃武出狱之后，最先去到帮助过他的夏同善等人的家中，表达了感激之情。一个月后，他才回到余杭，踏上了回乡的路程。途中，他依次拜访了那些曾经伸出援手的亲朋好友和科举的同年。最先感谢的，是当年资助了他姐姐一百两银子的胡雪岩。胡雪岩不但没有忘记曾经的承诺，还再三送给杨乃武几十两银子，使得杨乃武能够赎回家中的几亩桑地。等到所有的恩人都得到了感谢，杨乃武才终于回到了家，准备接管祖业。毕竟，由于冤案的缘故，杨乃武当时被余杭知县刘锡彤革去了举人的功名，案件澄清后，杨乃武的名誉虽然得以恢复，但功名却再也没有恢复过来，这直接导致了他的仕途彻底断送。无奈之下，他只得回家从事家族的养蚕事业。

杨乃武的家世代以养蚕为生，妻子詹翠凤（亦有记载为詹彩凤）是个能干的家庭妇女，桑叶的采摘与蚕的饲养对她来说是轻而易举的事情。杨乃武的姐姐杨淑英，曾多次上京为兄弟申诉冤屈，在杨乃武出事后，她因丧夫而住回了娘家，帮忙照料家里的一切。杨乃武在家业基础上，改良了蚕种，名声远播，家中的经济状况也逐渐得到了好转。然而，好景不长，杨翠凤因意外伤及眼睛而失明，姐姐杨淑英因劳累过度而早逝。杨乃武终究在1914年九月去世，享年七十四岁，安详地闭上了双眼，回归了天命。 小白菜（即毕秀姑）出狱后，她的婆婆沈喻氏因被判杖刑一百，流放四千里（此事因她曾诬告小白菜的丈夫葛品莲被毒死），因此无暇照顾小白菜。而小白菜的养母喻王氏更是不愿意接纳这个烫手山芋，对她完全不管不顾。最终，小白菜被余杭县的解差押解回了京城，再从京城被送回了余杭。

到达余杭后，新上任的县官提出让她再婚，但小白菜怎么可能再愿意嫁人呢？她宁愿誓死抵抗。当时，准提庵的庵主慈云向官府请愿，收养了小白菜，使她得以剃发为尼，取法号慧定。从此，慧定在庵中静心修行，种菜为生，日复一日地诵经礼佛，直到她安详圆寂。慧定的坟塔位于余杭东门外的文昌阁东侧，至今完好无损，并且得到了妥善的保护。

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